據韓聯社3日報道，韓國“總統親信干政門”獨立檢察組當天上午10時許抵達總統府青瓦臺，在信訪接待處出示搜查證并要求配合搜查。但下午2時青瓦臺民政首秘室和警衛室以“青瓦臺是涉及軍事和國家機密的重要場所”為由，不允許獨檢組入府。這場搜查引來數十家媒體記者蹲守現場。在對峙了數小時后，獨檢組最終未能進入青瓦臺。韓國親信門獨立檢察組發言人李圭哲3日在例行記者會上表示，法院前一天簽發的搜查證有效期截至本月28日。雖然當天青瓦臺拒絕接受獨檢組搜查，但是獨檢組還有機會再次嘗試搜查。
韓國KBS電視臺3日的報道稱，特檢助理樸忠跟等20名調查人員當天上午10時許抵達青瓦臺，試圖進行現場調查，但遭到青瓦臺方面的嚴詞拒絕。在對峙5小時后，獨檢組未能如愿對青瓦臺進行查抄行動，最終無功而返。返回位于首爾大峙洞特檢辦公室的樸忠跟對此表示強烈不滿：“不知青瓦臺為何拒絕獨檢組入內進行搜查。即使跟他們說是為了對犯罪行為進行調查，需要收集一些最起碼的資料，也依然被他們拒絕”。獨檢組隨后向代行總統職權的總理黃教安發送公文，要求其協助搜查青瓦臺，但是遭拒。特檢方面認為，調查對象包括樸槿惠總統涉嫌受賄、“世越”號慘禍當天總統7小時行蹤之謎、樸槿惠總統接受外部人士診療、崔順實等平民任意出入青瓦臺等，需要調查的事項比比皆是，為了徹底查明真相，必須搜查在青瓦臺各處保管的所有資料。獨檢組對青瓦臺的查抄行動將會是有史以來最大規模。
“出入鐵桶般的青瓦臺，崔順實YES，獨檢組NO”，韓國《世界日報》3日的報道稱，此次獨檢組搜查的目標，就是總統府秘書室長辦公室和民政、政務、經濟首席秘書官的辦公室，還有醫療室等附屬設施。但是由于青瓦臺找各種理由推脫，最終獨檢組鎩羽而歸。實際上，此前韓國司法部門從未成功對青瓦臺展開過搜查，2012年時任總統李明博爆出內谷洞私宅丑聞時，當時的獨檢組也同樣要求搜查青瓦臺，遭到拒絕。獨檢組3日對韓國公正交易委員會和金融委員會進行了高強度搜查，試圖查出樸槿惠和崔順實共謀以不當利益換取三星出錢支持兩大基金會的證據。
韓國紐西斯通訊社3日的報道稱，韓國法律界紛紛認為，青瓦臺以涉嫌國家機密為由拒絕獨檢組搜查，這在法律層面缺乏依據。韓國刑事訴訟法第110條和111條確實規定，如果案件涉及軍事和公務機密，相關單位可以拒絕司法部門的搜查。但問題在于此次青瓦臺拒絕的理由太籠統，不能說青瓦臺內部所有地點都涉及軍事秘密。有不愿透露姓名的律師表示，目前沒看到青瓦臺方面能說得過去的拒絕搜查理由，正確的做法應是青瓦臺相關人員陪同獨檢組進行搜查。
韓國《中央日報》3日的報道稱，韓國網民對青瓦臺的做法感到難以理解和憤怒，有網民直言不諱表示，連送快遞的都可以進入青瓦臺送東西，為何搜查犯罪證據的獨檢組不行？韓國正義黨黨首沈相奵在社交媒體上諷刺道，給樸槿惠注射藥物的大媽和德國的馬販子都能隨便出入青瓦臺，為何獨檢組不能進？
《韓民族新聞》3日發表題為“阻礙搜查犯罪現場的青瓦臺實際上犯下重罪”的社論，指出法院合理發出的搜查令，卻被作為國家元首的總統加以拒絕，這本身就有損韓國三權分立的憲法原則，而違反憲法的行為必須受到嚴懲。不知道獨檢組要搜查的青瓦臺部分辦公室存有多少國家秘密，但即使是這樣，青瓦臺也應該甄別并配合調查，而不能將獨檢組拒之門外。青瓦臺阻止獨檢組搜查是明確無誤地妨礙執行公務，如果發現青瓦臺內部有毀滅證據的痕跡，那么必須嚴加懲處。
“樸槿惠拋棄了配合司法調查的承諾”，《韓國日報》3日的社論稱，以國家機密為由阻擋獨檢組的正當調查，這是青瓦臺頑固妨礙司法調查的戰略和花招。