阿拉法特病重的時候，他居住的總統官邸被以色列軍隊層層包圍。許多巴勒斯坦人當時曾懷疑以色列是阿拉法特死亡的幕后推手，現在的醫學報告加重了他們的懷疑。
據半島電視臺7日報道，巴勒斯坦伊斯蘭抵抗運動(哈馬斯)發言人薩米·阿布·扎哈利發表聲明，公開指責是以色列謀殺了阿拉法特，呼吁巴勒斯坦當局立即停止與以色列進行的和平談判，并立即就謀殺罪行展開行動。而巴勒斯坦民族解放運動(法塔赫)中央委員會成員阿巴斯·扎基也發表聲明稱，“我們直接指認以色列為謀殺阿拉法特的兇手。從阿拉法特患病的那一刻起，以色列就已經為他定下了死亡日期。”
半島電視臺評論稱，哈馬斯與法塔赫圍繞巴勒斯坦政治權力分配的爭斗從未間斷，但是雙方在阿拉法特死因的問題上表現出對以色列共同的仇恨，達成了難得的一致。
“這更像是肥皂劇，而不是科學。”面對巴方的指責，以色列外交部發言人帕爾默作出回擊。他聲稱，該報告是阿拉法特遺孀和巴勒斯坦當局之間正在進行的斗爭的一部分。英國廣播公司報道稱，有專家質疑這一結論，因為通過檢測極少遺留物，推斷出阿拉法特的死亡，這就好比是一名盲人拿著大象的一條尾巴，然后利用這點信息來測算出大象的個頭。